杰克森实验室为自行繁育动物的研究人员提供基于单核苷酸多态性 (SNP) 的基因组扫描服务。该服务是利用一组 SNP 标记物区分两个或三个小鼠品系。

我们的基因组扫描服务可用于比较特定品系的遗传背景，或是标记物辅助繁育对挑选（用于构建同源异种品系）。

研究者提供目标动物的组织或 DNA 样本。杰克森实验室执行 SNP 分析，并总结每个提交样本中目标遗传背景所占的比例。

 

我们建议采用均匀分布于 19 个常染色体和 X 染色体的 150 个 SNP 标记物。

 

该服务专为多代扫描设计，有助于同源品系快速开发，但也可以做一次性扫描，用以确定品系背景或者是检测该品系近期是否存在遗传污染。

 

每代扫描 15-19 个样本时最有可能确定受体基因组比例足够高的两只动物，以便通过五代回交得到全同源小鼠。要得到同源品系，我们建议每代至少扫描 6 只动物。如果扫描动物数量少于 15-20 只，则可能需要 5 代以上才能够得到全同源品系。但对于特定品系，相比每代得到 19 个样本，可能选择每代（至 N6 或 N7）扫描更少数量 (8-10) 的动物更加简单、快速。如部分世代提交 15-19 个样本，而其他世代提交的是 7-10 个样本，则可能需要 5-6 代才能够得到全同源品系。如每代扫描 4-6 只动物，则可能需要 7-9 代才能够得到全同源品系。

 

要在每代繁殖理想数量的动物，应在每一代选择两只雄性动物并将其与 3 组（每组 2 只）雌性轮流繁育，方法是将 1 只雄性与 1 组雌性共同饲养一周。该计划可在 3 周内得到至多 12 窝动物。

 

由于仅安排携带目标基因的动物进行交配，因此经济的做法是仅扫描携带目标基因的动物。应先对动物进行基因分型，然后仅提交杂合动物的样本进行基因组扫描。我们建议通过繁育固定性染色体（参见下方建议）

 

不需要扫描 F1 代动物。每只 F1 代动物的每个基因位点上均包含来自两个亲本的等位基因。F1 代动物的扫描结果将是每个亲本品系各 50%。

 

固定 Y 染色体的理想方法是使 6 只雌性携带者与野生型雄性回交得到 F1 代。要固定 X 染色体，应在后续世代中使野生型雌性与携带者雄性交配。N2-N5 代时，扫描雄性携带者并挑选理想的两只与雌性回交。

 

下单后 JAX^® 服务将为您提供样本采集试剂盒，以便您将组织样本发送与我方检测。该试剂盒包括说明书、带有条码的 96 孔板、光学级条状封孔盖、一张用于提供样本 ID 及其孔板对应位置的表格，以及一个经过预编址/预付款的 Fed Ex 运输信封。请勿将没有随附提交表格的样本寄回给我们。如果是发送 DNA 样本，您的项目经理将在项目启动后与您取得联系并就样本提交做进一步说明。

 

不需要，组织样本采集试剂盒在室温运输条件下的稳定性已经过验证。请勿冷冻样本或低温运输。通过样本采集试剂盒上的预付标签选择次日达运输样本。但是，如果要发送预提取 DNA，则必须通过干冰运输。请勿在周五或美国联邦假日的前一天寄出样本。

 

样本采集试剂盒已针对尾部样本进行过验证。我们倾向于通过尾部样本或耳组织制备 DNA。请将适当大小的尾尖或耳组织发送与我方进行活检。每只动物我们需要大约 1.5 mm – 2 mm 的尾尖或耳组织。请将样本放置在样本采集试剂盒随附的 96 孔板中，每孔一个。如果只能够发送 DNA 样本，请联系 JAX®服务寻求样本提交指导和进一步说明。如果 DNA 并非由杰克森实验室提取，则我们无法保证基于该 DNA 的结果。

 

是的。由于我们会为每个项目选择多态性标记物，因此需要了解您所使用品系的背景。不推荐对未定义品系（例如远交品系或背景品系数 >3 的品系）进行基因组扫描。

 

由于我们所使用的 SNP 标记物组合其多态性针对的是原始品系，而远交品系在任意基因位点处的等位基因可能性非常多，因此我们倾向于不扫描源自远交品系的品系。如果您的品系源自远交品系，请联系  JAX^® 服务探讨项目可行性。

 

收到样本后 11-15 个工作日，具体取决于项目的复杂程度。

 

一次性扫描用于比较 2-3 种已知背景品系的存在性。除用于确认品系是否为全同源品系的项目外，所有的一次性扫描项目均需要联系我们探讨其可行性。

 

项目开始时，为您指定的项目经理将与您取得联系并提供自己的联系方式。您将在样本送达后 11 - 15 个工作日内收到基因组扫描结果。您可以通过电话和电子邮件随时联系您的项目经理，了解最新信息或咨询项目相关问题。

 

通常情况下不能。仅当怀疑污染来自特定已知品系时推荐使用基因组扫描。如果品系的污染源或起始背景混合情况未知，则应采用密度远超本扫描的小鼠基因分型方法（例如 GigaMUGA 或 MegaMUGA）进行分析。

 

不能。遗传漂变可能发生在基因组的任意位置，并且可能包括 DNA 中的单碱基突变、缺失、复制或倒位。任何种类的 SNP组合均不太可能恰好检测出遗传漂变所引起的自发突变的确切位置或类型。请阅读该博客或查看常见问题，了解有关最大限度降低遗传漂变的更多信息。