文章标题
小鼠基础知识五｜如何对小鼠进行基因型鉴定？
作者： TIS 杰克森实验室
文章内容
在基因工程小鼠的使用过程中，常常需要对小鼠进行基因型鉴定，以确保实际使用的小鼠的基因型与预期一致。本次的基础知识系列里将帮助大家从三方面了解基因型鉴定：
▲ 什么时候需要进行基因型鉴定
▲ 比较常用的基因型鉴定方法
▲ 基因型鉴定中的对照设置
1.需要进行基因型鉴定的情况
新引进的小鼠： 在订购的小鼠抵达设施后,建议第一时间对引进小鼠进行鉴定，以确保无误。
繁育对：为保障子代基因型的正确性，建议对所有繁育对进行鉴定。
子代小鼠：如果亲本产生的后代仅有一种基因型（纯合种群），在确保繁育对基因型的情况下，通常无需再对子代小鼠进行鉴定；如果亲本产生的后代有两种及以上基因型（例如杂合子配杂合子），通常需要对子代进行鉴定以明确个体的基因型。
例如Cre小鼠和Floxed小鼠配繁产生的后代小鼠会具有不同的基因型，因此通过基因型鉴定筛选符合实验要求的小鼠。
对于同时携带多种突变的小鼠品系，往往需要对不同突变基因进行鉴定。
需要注意的是，并非所有品系的小鼠都能够通过基因型鉴定的方法进行确认，例如近交系小鼠。因此，一方面需要从可靠的供应商引进小鼠，以确保品系无误。另一方面在种群管理时也需要尽可能保证一个种群不被污染。
2.常用的基因型鉴定方法
小鼠基因型鉴定所用的样本，通常是从鼠尾或者鼠耳组织（也有可能是脚趾）提取的基因组。提取基因组的方法可以参考JAX常用方法。
得到基因组DNA后，再根据相应的鉴定方法进行鉴定。JAX®的绝大部分小鼠品系，均可在品系详情页上找到具体的鉴定方法。
以strain#: 003831为例，在进入小鼠品系详情页面后，选择Husbandry - genotyping protocol，即可查看该品系基因鉴定的方法(如下图）。
该品系涉及两个基因的突变，因此JAX提供了针对两个基因鉴定的方法。与此同时，同一种基因也提供了两种不同的鉴定方法，可以根据实验室实际情况或者需要获得的信息进行选择（如下图）。
常规PCR是最常见的鉴定方法。除此之外，JAX常用的鉴定方法还包括qPCR、探针/终点分析法、测序等。这些鉴定方法的详细介绍可以参考【更高级的小鼠基因分型方法，别只会用琼脂糖！】。这里我们将简单列举上述鉴定方法的差异和应用。
| 鉴定方法 | 原理 | 应用场景 |
|---|---|---|
| 标准PCR方法 | 根据PCR产物的分子量差异(通常需大于100 bp)进行基因型鉴定。 |
鉴定基因工程小鼠的基因型，通常可以根据扩增条带的情况区分野生型，杂合子和纯合子。 |
| qPCR | 通过CT值计算，对目的片段进行定量分析，也可以比较不同品系间同一片段的量。 |
1）区分半合子和纯合子转基因小鼠，ΔCT纯合子- 与ΔCT半合子相差约等于-1.0; 2）鉴定转基因拷贝数。 |
| 探针/终点分析(Probe/Endpoint analysis) | 使用Tagman 探针检测PCR产物中不同探针的荧光强度并作散点图。鉴别不同 PCR产物片段进而进行基因型鉴定。 | 区分野生型，杂合子和纯合子;适用于扩增片段较短，或片段间差异较小(琼脂糖电泳无法区分)的情况，也可用于点突变的鉴定。 |
| 测序法 | 通过引物扩增出目标片段后进行测序。 | 常用于点突变的鉴定。 |
3 基因型鉴定对照设置
基因型鉴定实验虽然简单，但也有可能出现各种意料之外的结果，尤其当需要鉴定一个新品系的时候。从准备样品的角度，应尽可能地设置完整的实验对照，以帮助我们尽早发现问题、优化实验。
基因型鉴定中常用的对照如下：
| 对照组 | 目的 |
|---|---|
| 野生型小鼠样本对照 | 可用作阴性对照，或者是杂合子/半合子的野生型条带对照。 |
| 无模板空白对照(水) | 空白对照排除PCR体系污染。 |
| 阳性小鼠样本对照(如有) |
应当尽量引入以排除假阴性的可能。 例如从供应商直接购得的小鼠，或者过去鉴定过没有问题的小鼠样品。 |
在具体的鉴定过程中，还有可能出现很多具体的问题，例如目标条带缺失、出现假阳性条带或者非特异性条带等等。这些问题很多时候需要根据情况具体分析，难以一概而论。如果您遇到基因型鉴定相关的问题，可以参考以下资料或通过邮件、电话与杰克森实验室技术支持联系。
搜索分组
